问题
运行meme-suite软件里的命令后，没有正确运行生成结果，给出以下错误
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
FATAL: Template does not contain data section.
具体问题，我不清楚是什么造成的，或许某些依赖缺少，或许是meme-suite没有正确的安装成功吧。我在网上搜索，并没有很好的解决方法，大致都是重装之类的。这里总结一些方案，供大家参考吧。
解决方案
docker镜像
首先，建议大家直接使用meme-suite 的docker 镜像吧， 与其折腾这个错误，不如早点用镜像完成现有工作才是重点😂
不过要是没用过docker的，又要去折腾docker也是个麻烦事。。。
conda 安装
conda 创造一个新环境来安装meme-suite, 这个方案也是参考，反正对我没什么用。。。
conda install -c bioconda meme
conda+官方安装指南
参考Centrimo error: Template does not contain data section (biostars.org)， 也是用作参考，在我服务器上没用，但或许对你们的机器上有用
利用conda 安装meme-suite的一些依赖软件
- python >=3.0
- perl =5.22.0.1
- zlib
- ghostscript
- perl-xml-parser
- perl-yaml
- perl-xml-simple
- perl-html-template
- perl-cgi
- perl-html-parser
- perl-html-tree
- perl-math-cdf
- perl-log-log4perl
- perl-json
- perl-file-which
在conda环境下,安装官方安装指导，下载源码编译安装
DIR=/full/path/to/your/installation/dir
rm -f meme-5.3.0.tar.gz
rm -rf meme-5.3.0
wget http://meme-suite.org/meme-software/5.3.0/meme-5.3.0.tar.gz
tar zxvf meme-5.3.0.tar.gz
rm meme-5.3.0.tar.gz
cd meme-5.3.0
./configure --prefix=$DIR --with-url=http://meme-suite.org --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make clean
make &> make.log
make test &> test.log || true
make install &> install.log
export PATH=$DIR/bin:$DIR/libexec/meme-5.3.0:$PATH
meme-chip -version
tomtom -version
docker的安装指南
这是来源于meme-suite的 Dockerfile里的安装步骤，这个对我有用，就是安装时间有点长，
先安装一些系统依赖软件
apt-get update && apt-get install -y \
libopenmpi-dev \
openmpi-bin \
ghostscript \
libgs-dev \
libgd-dev \
libexpat1-dev \
zlib1g-dev \
libxml2-dev \
autoconf automake libtool \
libhtml-template-compiled-perl \
libxml-opml-simplegen-perl \
libxml-libxml-debugging-perl \
sudo \
openssh-server \
wget \
libxslt-dev
安装perl依赖包
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install Log::Log4perl' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install Math::CDF' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install CGI' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install HTML::PullParser' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install HTML::Template' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Simple' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Parser::Expat' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::LibXML' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::LibXML::Simple' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::SOAP11' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::WSDL11' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::Transport::SOAPHTTP'
在官网下载好源码，编译安装
tar zxf meme-5.4.1.tar.gz
cd meme-5.4.1
./configure --prefix=$HOME/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make
make test
make install
注意关注下make test的终端输出, 要是前面是FAIL 则，说明测试不通过，最后安装后，对应命令还是可能用不了的。
image.png
参考
https://meme-suite.org/meme/doc/install.html
https://github.com/pscedu/singularity-meme-suite/blob/master/5.4.1/Dockerfile
https://www.biostars.org/p/401084/
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