之前的推文[个性化ChIPseeker注释peak结果]里面分享了利用ChIPseeker完成个性化注释的脚本代码，利用脚本在命令行一行代码便可以完成多样本的个性化注释。当时没发现里面有bug，被细心的网友发现，现在已经修复，希望可以继续帮助需要的有缘人。
- 修复前：
多样本个性化注释时，选择注释类型会出现问题。如下示例，选择Promoter、Exon、Intron三种类型，其中sample1包含三个大类，而样本sample2只有Promoter一个大类：
- 修复后：
当时看着sample2结果觉得有点怪，没多想，以为选择注释类型后就是这样的结果。可见，虽然代码可以正常运行，但结果不一定正确，还是需要细心核实结果。
单样本注释：
Rscript get_annopeak_chipseeker.r -i sample1_peaks.narrowPeak -g gencode.vM25.annotation.gtf -l sample1 -s
命令执行结束会在当前目录生成两个文件chipseeker.sample1.anno.txt、chipseeker.sample1.anno.pdf，分别为注释结果和饼图。
个性化注释：
Rscript get_annopeak_chipseeker.r -i sample1_peaks.narrowPeak,sample2_peaks.narrowPeak -g gencode.vM25.annotation.gtf -l sample1,sample2 -s -a Promoter,Exon,Intron -f protein_coding,lincRNA,snRNA
命令执行结束会给每个样本生成一个.anno.txt注释结果和一个汇总所有样本的条形图。
注释结果在原有的基础上追加了gene_name、gene_type两列信息：
gene_name gene_type
Nab1 protein_coding
Cnot11 protein_coding
Brinp2 protein_coding
Cacna1e protein_coding
Apoa2 protein_coding
Cd247 protein_coding
Atp1a2 protein_coding
问题已修复，如需要最新的脚本，可以鹅厂号后台回复annopeak获取脚本链接，更多脚本使用细节可以查看之前的推文。
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