美文网首页生信星球培训第十三期
学习小组 Day3笔记--流金岁月

学习小组 Day3笔记--流金岁月

作者: 流金岁月BIO | 来源:发表于2019-03-08 12:17 被阅读21次

    晚交作业,各种状况。先把作业给交了吧,然后在继续解决问题中。无论如何要感谢小泽的的耐心解答。开始:

    1.root登陆后,检查有没有biosoft这个文件夹,没有需要mkdir biosoft去新建一个文件夹。

    2.输入cd biosoft,进入biosoft目录下。

    3..bzip2搜索是否装有bzip2,发现报错,说明没有安装。

    4. 输入命令yum install -y bzip2安装,这里一定要注意y是小写的,需要有空格,否则不会安装的。安装如下:

    image.png

    5.确定是在biosoft的目录下:cd biosoft,进行wget 加上下载miniconda的地址:https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    注意:这个是直接给的网址,需要学会自己搜索和选择linux下边配套的64位或者32位,根据自己的计算机选择。
    还需要注意的是:在putty下边粘贴与复制的操作为左键复制,右键粘贴。安装过程如下:


    image.png
    image.png

    6.激活miniconda,命令为source ~/.bashrc

    image.png

    So far, so good! But.........
    接下来,添加国内镜像:
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --set show_channel_urls yes
    但是,但是,我这个强迫症患者多拷贝了几个,导致结果混乱,再输入conda list可以打开,但是conda search fastqc之后一直报错说网站找不到,然后用conda config --set show_channel_urls yes后显示了很多说是需要调整顺序。然后小泽告知了vi的编辑方法,

    image.png
    结果是,在操作过程中,我选择了使用dd删除了所有的网址,结果悲催了,再也不能输入了,问题在哪里我还在摸索中,先把作业提交。

    相关文章

      网友评论

        本文标题:学习小组 Day3笔记--流金岁月

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/cdulpqtx.html