SignalP 5.0：信号肽预测

信号肽（signal peptides）：是引导新和成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，长度约5-30个氨基酸；对应的mRNA序列，在起始密码子后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA区域，该氨基酸序列即为信号肽序列，它负责吧蛋白质引导到细胞含不同膜结构的亚细胞器内。

SignalP是目前应用最广泛的氨基酸序列信号肽在线预测工具，预测给定的氨基酸序列中是否存在潜在的信号肽剪切位点及其所在未知。最新的版本是SignalP 5.0，预测方法基于多种人工神经网络算法，可预测细菌和真核生物氨基酸序列中的信号肽切割位点。
SignalP5.0网址：:SignalP-5.0

SignalP5.0在线分析网页预测信号肽的存在及其在古细菌、革兰氏阳性细菌、革兰氏阴性细菌和真核细胞蛋白质中的裂解位置。该算法是基于深度卷积和包含条件随机场的递归神经网络结构而开发的。分析的蛋白质序列不少于10个氨基酸残基，最多的氨基酸残基数可达5000,。粘贴fasta格式的蛋白质序列或者是上传fasta格式的文档至分析系统。

SignalP-5.0 Server界面.png

Steps：
⑴ 序列输入
一种是点击 选择文件 直接上传FASTA文件；另一种是将氨基酸序列复制粘贴到“文本框”中。
⑵ 物种选择
真核生物（ Eukarya）、革兰氏阳性细菌（Gram-positive）、革兰氏阳性细菌（ Gram-negative）和古细菌（Archaea）

IMAGE.png IMAGE.png

C-score (raw cleavage site score)：用来区分是否为剪切位点，最高峰值为剪切位点后的第一个氨基酸(即成熟蛋白的第一个氨基酸残基)；
S-score (signal peptide score)：用来区分相应位置是否为信号肽区域；
Y-score (combined cleavage site score)：C-score和S-score的几何平均数，用于避免多个高分C-score值对结果的影响。

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