sequence identity 和 sequence sim

⑴序列一致性或同一性（sequence identity） ：
两条序列在同一位点上的核苷酸或氨基酸残基完全相同。
The extent to which two (nucleotide or amino acid ) sequences are invariant.
⑵ 序列相似性（sequence similarity）：
两条序列间直接的数量关系。
⑶ 同源性（Homology）：
从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列，推断两个基因在进化上是否具有共同的祖先，是质的判断。

Mini Point：

对于蛋白质序列，如果两条序列的一致性＞25%时认为同源；
对于核酸序列一致性＞70%时认为同源。

⑷ 全局比对（Global alignment）：两条序列在全长范围内进行比对，通过插入空格的方法，使两条序列具有相同的长度。
⑸ 局部比对（Local alignment）：两条序列中相似程度最高的部分相比较，它更关注序列内部的形似性，它往往适用于寻找序列内部的一些保守的功能结构域或者一些功能位点，如MOTIF的发现。
⑹空位比对（Gapped alignment） ：
为达到最佳alignment ，序列中加入空位。

Gap.png
⑺无空位比对（Ungapped alignment） ：
相比较序列的核苷酸或氨基酸序列连续。