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2021-09-18-symbol和NCBI ID列表获取

2021-09-18-symbol和NCBI ID列表获取

作者: FFwizard | 来源:发表于2021-09-18 21:28 被阅读0次

因为功能富集分析的时候需要用到NCBI的ID,所以转换是非常有必要的
我们这里用到R包 org.Hs.eg.db 来进行转换
这个R包自带一个select函数,可以把一个向量集合批量转换
但是它老是不稳定(不知道为啥),这个转换方法时儿灵时儿不灵的。
(如果有人解决了这个问题,麻烦Q我一下!)


image.png

于是我把其内置的symbol和NCBI ID 转换表调取出来了,以求一个稳定的转换。

library(org.Hs.eg.db)
gene=rownames(diffLab)  #syumbol名集合
EG2SYMBOL=toTable(org.Hs.egSYMBOL)
gene=EG2SYMBOL[EG2SYMBOL$symbol%in%gene,]$gene_id
head(EG2SYMBOL)
image.png

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