EMBOOS密码子偏好性计算

1.计算GC3s

第一步 安装EMBOSS

conda install EMBOSS
#使用conda安装EMBOSS

第二步 序列准备
将需要计算的序列导入服务器指定目录，序列可以从NCBI下载或者使用phylosuite准备。
第三步 计算

cd /home/monkeyflower/xiaodeng/test
#转到序列所在的目录
geecee cds.fasta -outfile=gc3s.txt
#cds.fasta为输入文件，gc3s.txt为输出文件

2.计算ENC

第一步 打开EMBOSS网站
EMBOSS:EMBOSS: chips (inra.fr)
第二步 参数设置
首先是上传文件，一般选择第二种即自己电脑中已经准备好的文件；
然后在Sum codons over all sequences?选择No；
然后Run chips.
结果会在另一个界面显示，也可以选择将其发送到指定的邮箱。

结果得到的GC3s和ENC就可用于ENC-plot 分析：用GC3和ENC分别作X轴和Y轴进行ENC-plot分析，可以检测碱基组成对密码子偏好性的影响。基因沿标准曲线分布或落在标准曲线附近表示该基因密码子偏好性仅受突变影响，基因落在标准曲线下方较远的位置表示该基因密码子偏好性受到选择的影响。