想展示OTU和环境或样本的关系，但原始OTUs数目特别多，怎么办？
先做差异分析，差异分析完在做RDA，但每个样本差异OTU计数值总和不一，而不像原始总体几乎一致，如果拿这样的数据去做微生物环境因子关联，就会出现明明是与一个环境高度协调的OTU，RDA图会做出来与此环境无关联，如图:
1.png
其实这完全是差异OTU计数和全部OTU计数和不一致所导致，
假设两个总体和都是10000，但差异OTU之和一个为1000，一个为2000，而OTU1在两个样本中表达量分别为500和1000，如下图：
2.png
很容易看出其实OTU1在环境1和环境2中是有变化的，分别占总体的0.05和0.1，但是一旦切换到差异部分，很容易看出二者所占差异部分和的比例是一样的，都是0.5，由此做出的RDA图会带来错误的认知，即OTU1在环境改变时丰度没有改变，这是错误的，记在这里加深印象
正确的打开方式应该是这样的：
3.png
很明显，图二是正确的，因为本身就是拿差异OTU做的
正确的方式是先加载原始OTU计数表格，数据转换（hellinger转换或是相对丰度转换）完毕再filter一下得到差异OTU矩阵（差异OTU名称由差异分析获得），之后做出的图应该就是正确的了
网友评论