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下载SRA数据(一)

下载SRA数据(一)

作者: 茶与生信2021 | 来源:发表于2020-10-18 15:12 被阅读0次

我们常常需要对别人文章中的转录组数据进行数据分析挖掘,这是就需要从NCBI下载SRA数据了。而从NCBI下载SRA数据有很多种方法,这里介绍一种最简单的方法也是本系列的第一种方法,只要有浏览器和网络就可以了。这也是我非常喜欢的一种下载方式。在这里分享给大家,仅供参考。

PS:另外你需要从文章或其他地方上找到你所需要的SRA号码或者PRJ号码等。

这里废话少说,进入主题:

(1)打开浏览器,进入NCBI官网主页,输入SRA号码进行搜索,结果如下:

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(2)点击结果中的Biosample,进入:

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(3)点击下方SRA标志,进入下一页面

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(4)如上图所示,结果显示有两条记录,先选择一条,点击进入

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(5)点击下方的SRA号码进入

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(6)点击上方Download下的Fasta/fastq选项,并拷贝下方的Experiment号码,以便(7)中使用

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(7)输入刚才拷贝的Experiment号码,点击showrun

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(8)选择fasta或着fastq格式,然后点击Download下载

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(9)这里可以选择任意一种下载方式进行下载。可以使浏览器下载,或者迅雷下载,亦或者服务器中的wget下载。

此方法较为简单,免去安装NCBI的下载软件,便于初学者使用,或者少量数据下载时的使用。

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