SRA Toolkit的使用和安装

从NCBI上下载SRA原始数据，使用SRA TOOLKIT 进行下载和转化。

1. 下载SRA Toolkit （注意找准自己的版本）
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

2. 解压，放在文件夹下，并记住路径
我这里放在“/Users/baiyunfan/bio”下面

3. 打开终端或者Linux虚拟机

4. 配置环境变量

echo "export PATH=$PATH:/Users/baiyunfan/bio/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

将路径塞进bashrc里，source是运行一下

5. 下载单个数据

prefetch SRR2061753

6. 下载多个数据

echo SRR2061753 > id
echo SRR2061752 >>id
prefetch --option-file id

如果文件下着下着就掉线了怎么办？

nohup prefetch --option-file id &

7. 文件下到~/ncbi/public/sra中

8. 查看是双端还是单端

NCBI里会描述是双端测序还是单端，具体要详细看一下，如果是双端要拆分。
网址参照：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA281942&go=go 在左上角输入你的SRA序号即可

9.sra转化成fastq格式
单端测序（single-end）

fastq-dump SRR2061752.sra

双端测序（pair-end）

fastq-dump --split-3 SRR2061752.sra

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