网址：https://portal.gdc.cancer.gov/
simple nucleotide varaition→masked somatic mutation→感兴趣的癌种→cart下载
参考：https://www.jianshu.com/p/718fd6d34696
maf <- maf[maf$Variant_Classification != "Silent", ] # Filter silent mutation
mut <- pmin(table(maf$Hugo_Symbol, maf$Tumor_Sample_Barcode), 1)
mut <- as.data.frame(mut)
mut <- dcast(mut, formula = Var1 ~ Var2)
rownames(mut) <- mut$Var1; mut <- dplyr::select(mut, -Var1)
# mut[1:5,1:5]
完成。
1. 下载所需样本的maf文件 网址：https://portal.gdc.cancer.gov/[https:/...
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本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/cngsxdtx.html
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