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一文解决如何下载前体或者成熟体miRNA表达矩阵(TCGA数据库

一文解决如何下载前体或者成熟体miRNA表达矩阵(TCGA数据库

作者: 柳叶刀与小鼠标 | 来源:发表于2019-05-08 18:51 被阅读77次

本文目的:

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miRNA介绍

microRNA(miRNA)是一类能够调节基因表达的短单链內源非编码RNA(约22nt),通过与互补的mRNA选择性地结合抑制蛋白的产生,广泛存在于动物、植物、病毒等多种有机体中。

miRNA命名规则

命名包含三部分内容,即物种,microRNA类别,序号。三者间用短线连接(hsa-mir-7)。

  1. 物种一般用三个小写字母表示,如hsa,mmu和rno分别代表人,小鼠和大鼠。

  2. MicroRNA类别是指所命名的microRNA是pre-miRNA还是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示,mature miRNA用miR表示。

  3. 序号为一阿拉伯数字,代表microRNA发现的先后。一般而言,数字越小,发现越早。

  4. 位于基因组不同部位但产生同样的mature miRNA的pre-miRNA在序号后添加短线和阿拉伯数字以示区别,如hsa-mir-7-1, hsa-mir-7-2, hsa-mir-7-3。
    有些pre-miRNA可以产生两个mature miRNA。对应pre-miRNA茎环结构5' 和3' 序列的mature miRNA分别加后缀-5p和-3p以示区分,如hsa-miR-769-5p和hsa-miR-769-3p。对于仅相差1-2个碱基的mature miRNA,加一个小写字母后缀以示区别,如hsa-miR-19a, hsa-miR-19b。

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