计算基因长度

作者: 牛顿大尉 | 来源:发表于2020-12-10 11:18 被阅读0次

计算基因长度
2021-06-27 count_TPM_FPKM转换
基因长度并不是end-start
R-获取基因长度
统计注释出的基因数目，基因长度，外显子和CDS长度
基因长度计算——非冗余外显子长度之和
计算基因组染色体长度
计算单个基因上exon的有效长度
2023-01-09 用GenomicFeatures包计算基因
基因长度的计算（非冗余外显子长度之和）

用在转录组RPKM计算上
1载入GTF文件

library(GenomicFeatures)
txdb <- makeTxDbFromGFF("hg38.gtf",format="gtf")

2通过exonsBy获取每个gene上的所有外显子的起始位点和终止位点，然后用reduce去除掉重叠冗余的部分，最后计算长度

exons_gene <- exonsBy(txdb, by = "gene")
exons_gene_lens <- lapply(exons_gene,function(x){sum(width(reduce(x)))})

计算基因长度
用在转录组RPKM计算上1载入GTF文件 2通过exonsBy获取每个gene上的所有外显子的起始位点和终止位点，...
2021-06-27 count_TPM_FPKM转换
基因长度的计算 counTOFPKM counTOTPM FPKMToTPM
基因长度并不是end-start
需求 tpm、fpkm这样的数据，计算公式里都有“基因有效长度”，有些地方直接叫基因长度。之前计算这些，都是采用最...
R-获取基因长度
通常，在计算TPM或RPKM/FPKM等基因表达量时，除了基因的counts信息外，我们还需要知道基因的长度。这里...
统计注释出的基因数目，基因长度，外显子和CDS长度
做完基因组注释后需要统计一下基因长度，CDS长度和intron以及exon长度。 1.首先统计基因数目，直接使用l...
基因长度计算——非冗余外显子长度之和
定义基因的长度（生信菜鸟团[http://www.bio-info-trainee.com/3991.html]）...
计算基因组染色体长度
实战演练
计算单个基因上exon的有效长度
哇，是时候要整理一下以前的学习记录了，以前傻里傻气不知道通过平台来记录代码，都是放在一个R脚本里面结果导致今天别人...
2023-01-09 用GenomicFeatures包计算基因
本文包括内容： 1. 基因长度定义非冗余外显子(EXON)长度之和;挑选基因的最长转录本 ;选取多个转录本长度的...
基因长度的计算（非冗余外显子长度之和）
基因的长度有以下几种定义（参考：http://www.bio-info-trainee.com/3991.html...