一、常用软件
Diamond
cd-hit | 基因集去冗余
grabseqs | 批量下载sra数据并直接转换为fastq文件的工具
tabix | 操作VCF文件
二、基因组相关
1.组装
使用purge_haplogs处理基因组杂合区域
Purge_dups | 去冗余序列
busco | 基因组质量评估
2.基因预测
TEclass | 对TE一致性序列进行分类
Eggnog-mapper
3.Hi-C
三、群体相关
plink
PSMC | 群体历史有效群体
msmc2 | 遗传群体史推测
admixture | 群体结构分析
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