一、生信能帮我们做什么
生物信息学可以当作分子生物学的一个计算机分支。生物学中,在活体上的实验叫做in vivo;人工环境离体实验叫做in vitro;延伸一下,生信又可以视为in silico的生物学实验(经常在论文中看到这个描述)。
下面是生信研究的一些基础方向,可以对它有个大概的了解。
1. 分析蛋白质序列
现在我们都知道,蛋白质是由氨基酸组成的,第一次确定蛋白质的氨基酸序列是在1951年。
insulin=MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
现在分析蛋白质序列仍是生信的一个主要研究内容。包括从数据库中提取蛋白质序列;计算氨基酸组成,分子质量,等电点等其他参数;判断蛋白质是亲水性还是疏水性蛋白,预测抗原位点和跨膜片段位置;预测蛋白质二级结构单元和结构域;通过序列预测其3D结构并生成蛋白质3D结构可视化模型;寻找所有具有相似序列的蛋白质,进行多序列比对,对蛋白质进行归类并研究亲缘关系。
一些关于蛋白质序列的小知识
(1)蛋白质序列的顺序:由N到C
(2)蛋白质3D结构:第一个蛋白质的3D模型实在1958年确立的,后来人们建立了“相似氨基酸序列→相似结构→相似功能”的逻辑链,也是分子生物学和生信的理论基础。
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