2019-01-05

18.目的：为了研究PBAF复合物调控B16F10肿瘤细胞对T细胞介导的杀伤的敏感性的分子机制。通过RNA-seq检测PBAF缺陷型B16F10细胞的转录组。

知识积累：转录组研究可以从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示生物学过程及疾病发生过程中的分子机制。

结果：在图B中的韦恩图表示与对照组细胞相比，Pbrm1和Arid2缺陷型细胞中上调和下调基因中有共同的基因集，图A的表达谱可以看到与对照组细胞相比，Pbrm1和Arid2缺陷型细胞系具有相似的基因表达谱，而Brid7缺陷型细胞系的表达谱更明显，表明它具有不依赖于PBAF复合物的功能。从图C和D和S13中可以看到，与对照组细胞相比，Pbrm1和Arid2缺陷型细胞系中许多代谢途径的mRNA一致地下调，特别是与mTORC1活性和胆固醇体内平衡相关的基因集。图D热图中的黄色表示上调，蓝色表示下调，左边为mTORC1通路的基因集表达情况，右边表示胆固醇体内平衡通路基因集的表达情况。

知识积累：（个人理解，可能是错的）
FigureS13中，每个单图表示一条通路中的基因集的富集分析，A表示Arid2缺陷型细胞系，B表示Pbrm1缺陷型细胞系

P值：假设是正确却被拒绝的概率

Q值：被拒接但是是正确的概率，是FDR校正后的p值

NES：表示校正过的ES（富集分数）值，若NES绝对值越大，FDR值越小，表示分析结果越可靠。

因此在FigureS13中，图A和B中各自的第一个图和第二个图（分别为mTORC1活性和胆固醇体内平衡通路的基因的GSEA分析结果），与其他图相比，这四个图中的NES绝对值最大且对应的q值最小，因此表示这两个通路中的基因表达下调最显著。