string数据库的使用

string数据库的使用

我们在打开数据库之后，在菜单栏可以看到很多种来进行相互作用关系预测的选项。如果我们有一个目标蛋白，想要查看这个蛋白的可能的相互作用蛋白可以选择Protein by name；如果我们有很多蛋白，想要查看这些蛋白之间的相互作用关系，那就可以选择Multiple proteins。

由于我们在之前的差异表达分析的时候，可以得到很多基因，所以我们这里选择Multiple proteins来进行下一步分析。这里我们需要的输入的就是基因名即可，基因名与基因名之间通过通过换行来间隔。另外需要做的就是选择目标物种，由于我们做的是人的分析，所以选择人即可。

接下来点击SEARCH即可。这个时候需要注意的是，点击完之后，页面会马上弹出来。但是对于目标蛋白是不是全部都输入全了。我们需要一直往下拉页面，在最下面看到continue这个按钮。点击最下面这个才算是加载完了。

首先我们看到的分析结果是就是一个相互作用网络的图。对于这个网络，我们可以通过鼠标来拖动每个node。来使得图形更好看一些。这样也可以导出来直接用了。

图例（legend）

首先我们可以看到对于结果的注释，里面标注了不同的node和不同的edges代表什么。（如果不知道node和edge是什么

1. 节点(node)

图中每个节点表示一个蛋白，由于真核生物的可变剪切和转录后修饰，1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白，这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并，在节点上标记的字母实际为对应基因的gene symbol。

图中有些节点内部有螺旋状的结构，这表示该蛋白的三维结构已知，如果未知的话，节点内部为空。

默认情况下节点的颜色分成红色和白色，红色代表是你的查询蛋白，白色代表与查询蛋白具有相互作用关系的其他蛋白。由于白色不太好看，string会根据与相互作用的score值对颜色进行映射。在Legend页面，可以看到每个蛋白的颜色和对应的score值，示意图如下

示例

2. 边（edge）

节点之间的连线表示两个蛋白之间的相互作用，不同颜色对应不同的相互作用类型，示意如下

示例

从图中可以看到，两个蛋白之间的连线不止一条，这表示两个蛋白间存在多种相互作用关系。所有的相互关系中，既有实验验证的，也有数据预测的结果，所以看上去连线很多，非常复杂，这个可以通过结果页面的Settings进行设置，只展示你感兴趣的相互作用类型，示意图如下

示例

在Analysis页面，对于蛋白质相互作用网络中的基因，提供了GO和KEGG富集分析的结果，示意如下

示例

在Exports页面，可以导出相互作用网络的图片，支持PNG, SVG格式，也可以导出对应的相互作用表格和蛋白序列，注释等信息，示意如下

示例

对于一个包含许多节点的蛋白质相互网络，还可以通过Cluster页面来挖掘其中的子网sub network， 或者也可以称之为module, 本质上是对基因进行聚类，属于同一类的基因所构成的相互作用网络就是一个module, 示意如下

示例

支持kmeans和MCL聚类，聚类的结果为TSV格式，从中可以看出哪些基因属于同一类。

STRING数据库提供了下载功能，由于整个数据库非常大，所以可以选择一个物种，然后下载该物种对应的数据，示意如下

示例

具体设置可参考以下网址

https://cloud.tencent.com/developer/article/1437752