食管癌miRNA预后

作者: 概普生信 | 来源:发表于2020-01-08 09:25 被阅读0次

    癌症预后分析多数都是基于mRNA进行的分析,今天跟大家分享的是发表在aging-us(IF :5.515)杂志上,关于食管癌miRNA预后的一篇文章

    Reduced miR-203 predicts metastasis and poor survival in esophageal carcinoma

    miR-203 的降低预测食管癌的转移和生存不良

    首先我们一起来看一看这篇文章的主要内容,作者分析了GEO中的两个非编码RNA谱,发现了17种miRNA在恶性以及正常食管组织之间有明显的差异表达。这17种miRNA的表达与患者的临床病理特征之间的相关性分析表明,食管癌(EC)组织中miR-203的表达下调,并且与淋巴结转移和较差的总生存率显著相关。miR-203的过表达显着减弱了培养中EC细胞的细胞增殖,迁移和侵袭。此外,基因表达谱和生物信息学分析表明,KIF5C是miR-203的直接靶标,而KIF5C的过表达部分抵消了miR-203对EC细胞的肿瘤抑制作用。作者还观察到,miR-203可降低KIFC5蛋白水平,促进Axin2的胞质积累,并逆转EC细胞的侵袭性表型。这些数据表明miR-203在EC细胞中是一种肿瘤抑制因子,其表达水平有可能被用作EC患者的预后指标。

    结果展示

    1.miR-203预测EC患者的总体生存

    为了鉴定在EC中具有预后潜力的miRNA,作者首先分析了GEO中的两个非编码RNA分析阵列的数据GSE43732和GSE6188。在每个数据集中进行癌组织与正常组织的比较来识别差异表达的miRNA。结果作者发现了17种差异表达的miRNA(图1,表1)。

    图1. 识别差异表达的miRNA

    表1. 食管恶性组织与正常组织之间差异表达的miRNA

    接下来作者对来自TCGA的97名EC患者的肿瘤组织的miRNA测序数据进行了这17种miRNA的表达与临床病理特征之间的相关性分析。结果显示只有miR-203的表达与EC患者的总体生存率相关。miR-203也与淋巴结转移密切相关(图2)。因此,作者主要评估了miR-203在EC中的作用。

    图2. miR-203与EC患者的总体生存率相关

    2. miR-203抑制EC细胞系的迁移和侵袭

    在这里,作者分析了miR-203在两种具有不同转移潜能的人EC细胞系KYSE30(转移潜能较小)和KYSE510(转移潜能较大)中的表达。结果显示与正常食管细胞系HEEC相比,KYSE30和KYSE510中miR-203的水平均显著降低(图3A)。此外,KYSE510细胞的miR-203水平比KYSE30细胞低得多(图3A)。然后,作者应用miR-203模拟物或抑制剂转染KYSE30和KYSE510细胞。结果显示与miR-NC组相比,miR-203抑制剂在体内和体外均显著增加EC细胞的增殖,而miR-203模拟物的引入导致细胞增殖的明显降低(图3B和3C)。体外Transwell和伤口愈合试验以及体内肺转移试验表明,miR-203抑制剂可显著增强KYSE30细胞的迁移,侵袭和转移,而miR-203模拟物在KYSE 510细胞中产生相反的结果(图3D–3H)。

    图3. miR-203在体内和体外抑制EC细胞的增殖,迁移和侵袭

    3. KIF5C是miR-203的直接靶标

    为了确定哪些miR-203靶标是其对癌细胞迁移和侵袭的影响的原因,作者通过非常严格的富集分析通过TargetScan7.1预测了miR-203的功能,并发现了162个预测为miR-203潜在靶标的基因(图4A)。在这162个潜在靶标中,只有SEMA6D,VEGFA,KIF5C,CBLL1,FGF1,PIK3R1,PLAU,CCAR1通过GO富集分析显示与细胞迁移的阳性调节相关(图4B)。然后,作者在TCGA网站中分析了EC患者的RNA-seq数据中这8个基因的mRNA表达。有趣的是,与邻近的正常组织相比,癌组织中仅PLAU和KIF5C表达升高(图4C)。相关性分析表明,在EC患者中,KIF5C与miR-203表达呈显著负相关,而PLAU没有相关性(图4D)。接下来,作者针对miR-203模拟物或抑制剂处理,测量了EC细胞系中KIF5C mRNA和蛋白的表达。与miR-203表达相反,与正常细胞相比,EC细胞中KIF5C的mRNA和蛋白表达均增加(图4E,4F)。miR-22抑制剂在KYSE30和KYSE510细胞中强烈上调KIF5C(图4G,4H)。对miR-203模拟来说,作者在KYSE30和KYSE510细胞中均观察到KIF5C mRNA和蛋白水平的显著下调(图4I,4J)。这些结果表明,KIF5C是EC细胞中miR-203的直接靶标。

    图4. miR-203通过直接靶向KIF5C表达来抑制EC细胞的迁移和侵袭

    4. miR-203通过靶向KIF5C减少细胞迁移和侵袭

    为了阐明KIF5C对于miR-203介导的细胞迁移和侵袭抑制的重要性。作者将KIF5C表达质粒转染KYSE510细胞,并与miR-203模拟物进行比较。结果显示miR-203模拟物对KYSE510细胞迁移和侵袭的抑制作用在Transwell和伤口愈合试验中被KIF5C的过表达部分补偿(图5A)。体内试验显示了相同的结果(图5B)。这些数据表明,KIF5C的下调可能是miR-203过表达时观察到的细胞迁移和侵袭减少的重要原因之一。

    图5. KIF5C的过表达部分挽救了miR-203在体外和体内对EC细胞迁移和侵袭的抑制作用

    5. miR-203抑制β-catenin信号传导

    作为重要的肿瘤抑制因子,KIF5C可以提高Axin2的水平(图6A)。在EC患者样本中,Axin2的水平降低了(图6B)。相关分析进一步表明,Axin2与miR-203表达呈正相关,与KIF5C表达呈负相关(图6C)。接下来,作者检查了miR-203和KIF5C对KYSE510细胞中Axin2表达的影响。KIF5C的过表达导致Axin2的总表达和细胞质表达降低(图6D)。但是,在miR-203模拟物的存在下,KIF5C对Axin2的作用被明显逆转(图6D)。此外,值得注意的是,单独的miR-203不会降低KYSE510细胞中AXIN2 mRNA的表达(图6E)。由于Axin2是已知的β-catenin抑制剂,作者进一步发现miR-203抑制了KIF5C诱导的β-catenin表达和相关的转录活性(图6D,6F)。因此,这些结果表明,miR-203通过抑制KIF5C而促进Axin2的细胞质累积,从而抑制β-catenin活性。

     图6. miR-203通过增强Axin2表达来促进β-catenin的核表达

    KYSE510细胞中KIF5C的过表达显著增加了N-钙粘蛋白,MMP2和MMP9 mRNA的表达,并抑制了E钙粘蛋白的表达(图6G)。更重要的是,miR-203和IWR-1-endo对E-钙粘蛋白,N-钙粘蛋白,MMP2和MMP9的表达具有协同作用(图6G)。因此,这些数据表明Axin2是miR-203的必需间接下游分子。

    好啦,这篇文章的内容就这么多啦~明天再见!

    相关文章

      网友评论

        本文标题:食管癌miRNA预后

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/cvpjactx.html