【生信技能树】【miRNA】学习笔记（一）

miRNA背景知识

miRNA组学，实际上是RNA-Seq的一种，为非常规转录组。

miRNA种类

miRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA、exon 或 intro降解片段。

• 其中，miRNA & siRNA & piRNA是研究的热点

• miRBase —— miRNA数据库

• miRNA的碱基组成为：AUCG

miRNA ID的命名规则

• miRNA成熟体简写成miR，再根据其物种名称，以及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字。

  e.g. hsa-miR-122

• 高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母(a, b, c, …)

  e.g. hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等

• 通常一个miRNA前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生miRNA，则继续在名称之后加上-5p/-3p等。

  e.g. hsa-miR-122-5p

miRNA综述

（1）人类 / human

• MiRNAs and cancer【这篇文章有点老】

• The Role of MicroRNAs in Human Diseases

• Deep sequencing of the small RNA transcriptome of normal and malignant human B cells identifies hundreds of novel microRNAs

（2）植物 / plants

• Functional diversity of miRNA in plants

• Comparison of miRNA Evolution and Function in Plants and Animals

• Computational analysis of miRNA targets in plants: current status and challenges

（3）miRNA相关工具

• Evaluation of Bioinformatics Approaches for Next-Generation Sequencing Analysis of microRNAs with a Toxicogenomics Study Design【评价各个miRNA生物信息学分析工具，简要看给出的表格就好】

miRNA应用

这部分是Jimmy老师给出的关于miRNA实例。

需要注意的是，miRNA与mRNA之间的关联也是一条分析方向。

文献名称

• MicroRNA-17 as a promising diagnostic biomarker of gastric cancer: An investigation combining TCGA, GEO, meta-analysis, and bioinformatics【公共数据分析，数据量非常大】

• Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers

miRNA芯片介绍

miRNA-Seq，由于其实际上就是RNA-Seq的一种，最终目的都是为了分析表达矩阵。

根据获得表达矩阵的方法，可以将miRNA分析分为：

• 基于芯片

• 基于二代测序

miRNA芯片厂商

• affymetrix（不对物种进行划分 —— 探针种类非常多）

• agilent（分物种）

• illumina

后话

Jimmy老师发布在b站的视频，需要GEO数据库挖掘方面的知识，我还没，但是也可以稍微学学。