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Multi-omics Hammer软件之基因长度计算

Multi-omics Hammer软件之基因长度计算

作者: WJ的生信小院 | 来源:发表于2022-08-03 08:59 被阅读0次

    上一篇推文主要介绍了一下Multi-omics Hammer软件的Primer工具箱,本篇就介绍一下如何使用该软件的Genome relate工具箱进行基因长度的统计。更多内容见底部。

    一 功能开发

    基因长度统计,其实看起来是个不实用的功能,但是在某些特殊的情境下,也是不可忽视的。比如说构建载体查看插入片段的基因长度,亦或者需要对某个基因组的所有基因的序列长度分布进行统计时,批量序列长度的统计都是不可或缺的。因此,本软件结合这一现象,推出了这一简单但实用的功能。

    二 软件调用

    介绍完上述功能需要解决的问题,下面便介绍如何通过软件完成相关分析。

    2.1 我们需要先打开‘Genome relate’菜单,如图1所示。

    图1

    那么,我们就可以看见我们的Genome_relate对话框了(图2)。这一对话框运算部分提供了两个选项,分别是‘is save’和‘simple alig?’选项。如果复选框勾选了‘simple alig?’选项,用户就可以用对话框中的数据进行运算。除了上述选项外,本对话框的其他界面元素也将以行为主进行逐一介绍。

    多选框:可以选择序列长度统计(Count_sequence_length)、序列提取(extract_sequence)、进化树名称修改(ptree_rename)和基因名批量修改(fasta_rename)。

    Matching files:需要统计的文件。

    Search file:用于检索的文件(序列统计功能不需要使用)。

    Result Previem:结果预览。

    Output files: 指定用于输出的文件。

    最后,最重要的选项就是‘start’选项了,点击后即可直接进行运算。

    图2

    另外,为了方便用户了解这一功能,本软件也提供了示例文件,通过点击图2的方框3的‘load test’选项即可加载示例数据,如方框4。随后,点击‘start’即可得出结果。当然,用户也可以直接将文件拖入进入相应的为对话框(输入文件对话框)。如图4所示,用户可以直接将文件分别拖入到对话框中,软件会自动识别并加载数据。注意:如果直接将文件拖入这个对话框,则会直接读取文件的内容,并展示前100行的数据。而结果文件对话框只会显示文件的路径。因为,已经提供了结果预览部分。

    图3

    如果用户想要切换方法,可以在多选框部分下拉菜单中重新选择。

    图4

    2.2为方便用户了解产生的结果文件,下面将展示一下输入数据和结果数据,功能较为简单,此处便不再赘述。

    输入数据为:

    结果数据为:

    三 惯例小结

    除了批量统计序列长度外,Genome relate工具箱还提供了其他的功能,并且这些功能也将在之后的推文中逐一介绍。另外,如果读者觉得还有什么功能需要实现,也可直接通过公众号留言。不过还是那句话,改进的进度可能要全凭本人时间安排,无法强求(如果有较大意义,也会尽快实现)。最后的最后,欢迎大家多用Multi-omics Hammer软件,多提宝贵建议。也欢迎大家多关注公众号(见个人介绍)。

    软件下载地址:

    https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

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