单细胞转录组数据分析||conos包

Joint analysis of heterogeneous single-cell RNA-seq dataset collections. Nat. Methods, (2019)

conos是什么?它是一个连接大量单细胞RNA-seq数据集的包。它侧重于异质样本集合间同源细胞类型的统一映射。例如，收集了几十个癌症患者的外周血样本，再加上几十个对照组。也许还包括相关组织的样本，比如淋巴结。

Conos应用了许多容易出错的方法（error-prone methods）中的一种来对齐集合中的每对样本，建立加权的样本间细胞到细胞的链接，创建一个全局联合图。相同类型的细胞往往会在许多这样的成对比较中相互映射，形成小集团，可以识别为集群(图社区)。

https://github.com/hms-dbmi/conos
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/460246v1
https://www.nature.com/articles/s41592-019-0466-z