基础命令：

ls

ls -l -h

pwd

cd

cat

less 查看较大文件内容

搜索：/搜索内容+回车

less -N：显示行号

less -NS：不换行 左右翻页

more：同上

head

tail

wc：显示行数 +单词数 +字符数

管道：|

grep “搜索内容”  文件名 | wc

grep -c “搜索内容” 文件名

grep ""   .fna | less

grep "" .fna | sort |uniq| wc  :去除重复

vi编辑器：修改文件编辑文件

按 i进入编辑模式

ESC退回一般模式

输入冒号：wq#保存并退出  :q!#不保存退出

查找替换

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nano编辑器（自学）

软件安装：

apt install 软件名称#管理员权限

ssh users001@192.000.0.00

sudo apt install

替换当前行：/tv/cn#tv替换成cn

u：撤销刚才操作

s/tv/cn/g#替换当前行

:%s/tv/cn/g#全局替换

mv aaa.fna .aaa.fna将文件设置为隐藏文件

打包/解压：

tar -zcf  文件名 *.fna#压缩文件并进行重命名

加进度条：tar -zcvf 文件名 *.fna

tar -zxcf #解压缩

fastqc：

wget 链接地址

chmod u+x fastqc增加可执行权限

手动安装:

下载软件——解压——编译（可选）——修改权限（增加可执行权限）

——添加PATH环境变量 export PATH=$PATH:/home

自动安装：

apt

conda（无需管理员权限）

conda install fastqc=0.11.7