前言
Immugent在之前的一篇推文：CAMOIP:零代码完成泛癌免疫治疗相关分析中，已经介绍了CAMOIP的功能框架，那么今天Immugent就来具体解读一下如何使用这个在线工具用于我们的日常分析中。
首先比较稳定的网址是在http://camoip.net/，而文章给出的网址https://www.camoip.net/实测有点不稳定。对于这个问题，Immugent已经向作者反应，后续估计会改成直接跳转的模式对这两个网址无缝衔接。
当然，为了排除会有任何误导小伙伴课题方向的嫌疑，Immugent下面演示的基因是文章给出的TP53和另一个著名的抑癌基因PTEN。Immugent主要是介绍一下这个网址的一些使用技巧，以及如何解读相应的分析结果，大家在实际使用中可以换成自己的研究基因即可。
主要内容
下面第一幅图就是这个网站的封面，从这幅图中，我们可以直接看到这个网站纳入的数据，以及可以进行的分析。
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在第一个板块就是对研究基因进行生存分析，CAMOIP提供了两种分析方式：Kaplan-Meler和COX-Regression；而且有两个角度，一种是直接对表达量进行分组来分析；另一种则是根据突变状态进行分析。
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从以上结果可以看出，TP53的表达对NSCLC患者的生存具有显著影响，而这种影响不是通过突变的方式。
接下来就是最常见而又不可或缺的基因表达的差异分析。
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同样可以选择突变和表达量两种方式进行分组，然后看两组间其它基因的表达差异性。
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除了差异表达，也可以看不同分组间多个感兴趣基因的突变情况。也可以根据一个基因突变与否进行分组，去比较其它基因的突变情况。
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因为CAMOIP的所有板块都可以根据基因突变情况和表达量的不同进行同样的分析，后面为了更简化，只介绍每一种分析的一种分组方式，小伙伴可以据此类比另一种分析方式。
下面要介绍的是针对三个类似但又各有侧重的肿瘤指标：肿瘤突变负荷，新抗原负荷以及MANTIS评分。关于这三个角度的特色之处，大家可以检索相应的文献进行理解，Immugent这里就不进行赘述了。
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下面说一下大家可以比较陌生的MANTIS评分，其实它是肿瘤微卫星不稳定性的一个标志物，MANTIS评分可以间接的对微卫星不稳定性进行定量，因此这个分析也是很有实际应用价值的。
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免疫细胞浸润的差异分析可以有多种算法进行选择：CIBERSORT, EPIC，IPS，MCPcounter和quanTIseq。通过目标基因突变情况和表达的不同进行分组，进而比较两组免疫细胞浸润的差异。
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除了可以分析免疫细胞，CAMOIP还可以对不同组间免疫基因的表达和突变情况进行分析。
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最后就是基于免疫细胞和免疫基因进行的综合评分--免疫得分，这个结果更能反应两组间免疫功能的差异。
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下面要介绍的就是CAMOIP功能通路分析的模块，其中包括GSEA和ssGSEA。这两种分析都可以分别选择TCGA数据库和ICI数据库的数据。
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关于GSEA分析可分两步，首先就是在某一种癌症中选择要研究的基因，随后根据突变或者表达分成两组，然后对两组样本的所有通路进行分析。在这个结果上，还可以具体选择某一条感兴趣的通路进行展示。
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此外，还可以选择目标通路进行ssGSEA分析，然后比较两种间的差异。
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最后要说的一点是，CAMOIP的所有数据都可以下载，这样不仅可以追踪自己的分析结果，然后可以用来联合分析其它项目。
展望
总的来说这个网址功能还是很齐全的，特别是对前期候选基因的筛选特别有帮助。当然不要指望只使用这一个工具就能水一篇文章的目的，这也不是开发这个软件的初衷。
整体来看，CAMOIP做的还是很细节的，比如里面使用的不同分组的颜色可以根据自己的喜好或者文章整体色系进行改变；同时为了方便使用者后期修改图片，CAMOIP提供了pdf版本的图形下载方式；最后还有一个特别细节的就是，绘图所用的数据也可以直接下载成表格的形式供其它分析使用。所最后需要提醒大家的就是如果使用CAMOIP用于自己的文章，千万记得要引用原文哦。。。
好啦，感兴趣的小伙伴们赶紧实操起来吧！
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