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单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control

作者: 周运来就是我 | 来源:发表于2019-10-18 07:39 被阅读0次

    本文介绍了单细胞转录组数据分析非常重要的一步:数据质控。

    数据质控应当引起我们的注意,数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。

    • 数据质控的几个方向:低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别,细胞碎片,批次效应等。其实就是两个方面:细胞与基因。
    • 引入噪声几种可能,特别是逐步讲了Experimental setup带入的噪声
    • 介绍了DoubletFinder、Scrublet 、SoupX质控工具。
    • rna 3'与rna全长质控的区别有哪些?
    • 我的数据质控应从哪些方面入手?
    • 数据质控是一门学问,同时,数据质控不是数据分析的某一步,而是贯穿数据分析的每一步!











    DoubletFinder:Doublet Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data Using Artificial Nearest Neighbors






















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    This lecture by Åsa Björklund (NBIS, ELIXIR-SE) is part of the course "Single cell RNA-seq data analysis with R" (27.-29.5.2019). Please see https://www.csc.fi/web/training/-/scr... for the full course description and all the materials.

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