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生信分析管道代码使用方法

生信分析管道代码使用方法

作者: Jason数据分析生信教室 | 来源:发表于2022-05-12 14:56 被阅读0次

0512 Rain
最近准备出一个高通量数据分析管道指南合集。理论上小伙伴们只需要复制黏贴代码就可以操作。有一部分需要根据指南修改路径代码和文件名代码。新手小伙伴经常会提问类似代码怎么执行的问题。
建议提前创建.sh格式的Shell文件。在编辑器里复制黏贴代码到这个文件以后保存就行。编辑器的话什么都行，Visual Studio Code, Atom....
举个例子，我在工作文件夹里创建了一个test.sh的文件。

然后复制黏贴全基因组分析GATK4管道教程详解(有完整代码)里的第一步准备文件夹的代码。

接下来在右下的terminal里用sh执行就好。会发现命令已经成功执行，左边导航栏多了好几个文件夹。

or 如果在服务器端操作的话，可以在系统的terminal里执行。


效果是一样的。

所以流程比较多的话，可以根据每一步创建一个sh文件。一步一步执行就可以了。
需要执行的任务比较多的话，也可以同时打开多个termianl窗口，进行多线程。

当然入门以后可以用更高级的方法创建整个自动化流程。

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