bam文件截取指定长度的序列

截取长度在50-100的序列

samtools view -h test.bam | awk 'length($10) > 50 && length($10) < 100 || $1 ~ /^@/' | samtools view -bS - > new.bam

截取长度为50，51的序列

samtools view -h test.bam | awk 'length($10) ==50  || length($10) == 51 || $1 ~ /^@/' | samtools view -bS - > new.bam