"的行,...">
美文网首页
用R提取非表格的特定行

用R提取非表格的特定行

作者: RaoZC | 来源:发表于2020-12-01 01:04 被阅读0次

有时候我们需要提取非表格文件中含有某些符号的特定的行,例如,我们需要从下面fasta文件中提取所有包含">"的行,


image.png

基本思路是逐行读入,定位,按照定位提取每一行

a = readLines("GeneBank.faa")
b = grep(">",a)
str(b)
查找包含">"的行号

可以看到,使用grep后,我们得到包含“>”的行号,我们利用这个行号进行定位

c = a[b]
write.table(c,"ID.txt",quote = F, row.names = F)

即可得到如下结果


image.png

相关文章

  • 用R提取非表格的特定行

    有时候我们需要提取非表格文件中含有某些符号的特定的行,例如,我们需要从下面fasta文件中提取所有包含">"的行,...

  • 第三天

    从R对象中提取特定的值 运用[] 提取数据框中特定的值可以通过 对象名[,,,,。。。。。。] 完成,中括号内有...

  • R语言 从数据框提取特定行

    grep which subset

  • pandas筛选特定行告警并生成多个sheet

    pandas筛选特定行并生成多个sheet 代码主要功能:针对《当前告警_所有.csv》表格中的由于RRU断链和R...

  • python一次性提取所有RNA的注释文件

    从ensembl下载的人RNA注释文件gtf格式,从里面提取RNA的关键信息:代码如下: 这是提取完成后的表格,R...

  • R提取列/行

    其他有空格的列:需加`` df$`Avg Estimates` vi 使用: 按「#l」:光标移到该行的第#个位置...

  • [R|skills] 提取大文件的特定行列

    需求描述 我们在用R做数据分析的时候,需要把数据集导入到R里面。但是有时候由于文件太大,我们的内存又很小。这个时候...

  • python: prevalence & annotate

    1 根据分组提取特定样本2 提取特定样本的ko丰度表3 把KO注释做成字典4 计算0的数量,每组样本数,非0百分比...

  • Excel VBA提取目录

    用Excel VBA制作表格目录 说明:当Excel工作簿有很多表格时,或者为了操作管理的便捷,我们需要提取表格的...

  • R语言操作和处理数据小总结

    在R文本编辑器中输入数据 提取前5行 提取“Sepal.Length","Sepal.Width”两列的前5行 指...

网友评论

      本文标题:用R提取非表格的特定行

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/dmdjwktx.html