R语言定义与特征

R是一个开放的统计编程环境，是一门用于统计计算和作图的语言。
R is a language and environment for statistical computing and graphics.
http://www.r-project.org/about.html

R特征

• 语法接近S语言，方便S_PLUS用户使用。
• 语义表面上与S类似，但实际上是不同的。
• 全平台/系统运行。 (包括PlayStation 3)
• 定期更新（每年修复bug）；开发积极。
• 极其精简，就像一个软件；函数封装在不同的扩展包中。
• 绘图能力十分强大，强于大多数统计学软件。
• 便于交互工作，但包含开发新工具的强大编程语言
• 积极活跃的用户社区；R-help和R-devel mailing lists、Stack Overflow
• 免费

免费软件

With free software, you are granted

• The freedom to run the program, for any purpose (freedom 0).
• The freedom to study how the program works, and adapt it to your needs (freedom 1). Access to the source code is a precondition for this.
• The freedom to redistribute copies so you can help your neighbor (freedom 2).
• The freedom to improve the program, and release your improvements to the public, so that the whole community benefits (freedom 3). Access to the source code is a precondition for this.
  http://www.fsf.org

---

R缺点

• 基于40年前的技术开发。
• 对动态或3D图形支持少（“old days”版本后有所提升）。
• 函数开发处于用户需求和贡献。如果没人和你有相同需求，那么这可能就是你的工作（或者付费找人开发）。
• 对象必须储存在物理内存中，但现在有很多新技术可以实现。
• 不能应对所有可能的情况 (这也是所有软件的弊端)。

R系统的设计

R系统分成两个概念模块：

1. 从CRAN下载的“base” R系统。
2. 其他。
   R函数分别储存在不同的packages中。

• “base” R系统包括： base package是运行R所必须的，包含了多多树基础函数。
• “base”系统中的其他packages：utils, stats, datasets, graphics, grDevices, grid, methods, tools, parallel, compiler, splines, tcltk, stats4。
• 建议安装的packages: boot, class, cluster, codetools, foreign, KernSmooth, lattice, mgcv, nlme, rpart, survival, MASS, spatial, nnet, Matrix.

还有很多其他的扩展包：

• 14086 CRAN packages.
• Bioconductor project packages (http://bioconductor.org).
• 还有一些自己开发的扩展包存放在github或其他代码托管平台，甚至是个人网站上，没有办法可靠统计这些包的数量。

课程分享
生信技能树全球公益巡讲
（https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g）
B站公益74小时生信工程师教学视频合辑
（https://mp.weixin.qq.com/s/IyFK7l_WBAiUgqQi8O7Hxw）
招学徒：
（https://mp.weixin.qq.com/s/KgbilzXnFjbKKunuw7NVfw）