R语言扩展包

utils包中的*.packages函数管理CRAN源的扩展包
BiocManager管理bioconductor中的扩展包
devtools安装开发中扩展包
githubinstall安装github上的扩展包

utils包中的*.packages函数

## 修改CRAN的镜像源（官方的软件源在国外，速度会受影响）
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

## 列出所有当前可用扩展包
> available.packages()
                              Package                         Version         
A3                            "A3"                            "1.0.0"         
abbyyR                        "abbyyR"                        "0.5.4"         
abc                           "abc"                           "2.1"           
......
## 函数返回一个矩阵形式的扩展包列表，包括软件包名称及当前最新版本

## 安装扩展包
> install.packages("PackageName")

## 查看已安装的软件包
> installed.packages("PackageName")

## 更新软件包
## 更新特定扩展包
> update.packages("PackageName")
## 更新所有软件包
> update.packages()

## 移除扩展包
> remove.packages("PackageName")

BiocManager：管理bioconductor中的扩展包

if (!"BiocManager" %in% rownames(installed.packages()))
     install.packages("BiocManager")
## 修改biocondutor的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

## 列出所有可以安装的R扩展包
> BiocManager::available()

## 安装扩展包
> BiocManager::install("PackageName")
## 由于许多biocondutor扩展包是依赖CRAN上的扩展包的，因此，BiocManager::install()也可以用来安装CRAN的扩展包
## 同时安装多个扩展包
pkgs <- c("PackageName1", "PackageName2", "PackageName3",...)
BiocManager::install(pkgs)

devtools安装开发中扩展包

https://cran.r-project.org/package=devtools
devtools包含了一系列用来开发R包的工具。

# install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github('hadlley/dplyr')

githubinstall安装github上的扩展包

https://cran.r-project.org/package=githubinstall

#install.packages('githubinstall') 
library(githubinstall)
githubinstall('AnomalyDetection')

R扩展包储存的镜像地址

CRAN的镜像列表：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
Bioconductor镜像列表：http://www.bioconductor.org/about/mirrors/
GitHub也有很多开发中的R包：https://github.com/

课程分享
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