xshell-2 查看linuxz中是否有安装某个软件并用pro

• 所用的是ubuntu16系统的服务器。

1. 先查看某个软件有没有安装：

参考：

https://www.unixmen.com/linux-basics-check-package-installed-not-ubuntu/

1）先查看已经安装的所有软件列表

dpkg --get-selections

image.png

2）也可以查某个指定软件有没有安装过：
比如查询Firefox有没有安装过：

dpkg -s firefox

会看到：installed，即安装过！

image.png

3）同样查看一下prokka有没有安装过：直接输入prokka就可以看到

prokka

image.png

即：此前安装过!

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2. 进行单菌基因组的注释：

1)首先在wincp下在自建的一个文件夹下放入单菌拼接基因组：

image.png

2）复制路径：

image.png

所以读取路径可以指定了！输出路径指定，但是"不用创建"具体输出文件!

注意 ：其中，40这个文件不要创建！不然会报错！

• 报错代码为：

prokka /media/dell/data3/RXD/Prokka/B1669N-40.genome.fasta --outdir /media/dell/data3/RXD/Annotation/ --prefix goldbacteria --kingdom Bacteria

• 输出报错信息为：

image.png

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• 正确代码为：

prokka /media/dell/data3/RXD/Prokka/B1669N-40.genome.fasta --outdir /media/dell/data3/RXD/Annotation/40 --prefix goldbacteria --kingdom Bacteria 

• 注意：运行结束后，到40这个文件的上级目录进行refresh，才会看到注释结果！

image.png

然后具体文件内容如下：

image.png

• 如果想看prokka帮助文件，则只需要输入：

prokka -h

即可看到：

image.png