使用conda安装可以避免版本不匹配问题
#安装R
conda install r
#安装deseq, deseq2, edgeR
conda install -y bioconductor-deseq bioconductor-deseq2 bioconductor-edger r-gplots
由于书上已经提供了使用以上三种包分析的R脚本，直接下载
curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq1.r
curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq2.r
curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/edger.r
#运行示例
cat counts.txt | Rscript edger.r 3x3 > results_edger.txt
使用conda安装可以避免版本不匹配问题 由于书上已经提供了使用以上三种包分析的R脚本，直接下载
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本文标题：chapter96-97 conda安装RNA-seq包及分析
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/dpjqyhtx.html
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