在生物进化的过程中，动植物和微生物存在互利共生的关系，如人肠道菌群的微生物。物种的不断进化，菌群的变化对物种的免疫功能、生长状态也有着巨大的影响。
已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。此外，在土壤、海洋和一些极端环境中也发现了许多新的微生物种群和新的基因或基因簇，通过克隆和筛选，获得了新的生理活性物质，包括抗生素、酶以及新的药物等。
进行基因组denovo测序与meta分析可以准确的研究微生物与环境 的共生以及适应性关系。
联合分析策略
研究案例：
通过多组学meta分析结合独立多组学数据验证，对COPD呼吸道微生物群落的功能特征进行了探究，并揭示了与COPD发病相关的“菌群-代谢物-宿主靶点”的互作关系。证实了利用公共多组学数据集成分析来研究微生物组-宿主互作关系的可能性。
案例1
研究灵长类动物的食性变化对于研究古人类进化有着重要的作用，金丝猴（拉丁学名：Rhinopithecus），是研究灵长类食性变化机制的重要物种，通过基因组denovo测序揭示金丝猴的特殊消化机制。
案例2
参考链接：
宏基因组学_百度百科 (baidu.com)
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