范文是这一篇。
文章信息如下：
作者： Yan Tingting Ding Feng Zhao Yan
期刊：Hereditas
日期：2019-07-16
DOI ：10.1186/s41065-019-0101-0
最近会杂七杂八的多写一些东西，来找一找手感（笔感），微信公众号不支持我这样做，微信的推送会显得比较正式，顾虑又很多，而且我们每个月的四条推送都非常珍贵....
好了，回到正题，有人会问这是一篇甚至不到一分的文章，解读它有啥价值？
答案是我乐意...
哈哈哈，开玩笑的，你要考虑阿尔兹海默症数据量的限制（数据类型和数据量会限制方法）还要考虑作者可能是想让文章尽快接收呢？总之我们学习方法，如果再结合一些NGS测序样本，说不定可以发一篇大文章（虽然样本很难取，我知道...）
研究背景：
阿尔茨海默病(Alzheimer‘s disease，AD)是公认的最常见的神经退行性疾病和典型的海马健忘症，也是影响老年人的主要致死性疾病之一。该疾病的特征是由淀粉样蛋白-β(Aβ)肽形成的细胞外老年斑，细胞内神经原纤维缠结(NFT)，以及与记忆相关的脑区的结构和功能改变。众所周知，AD具有复杂的多种致病因素，如遗传因素、环境因素、免疫因素、头部损伤、抑郁或高血压。在这些因素中，遗传因素被估计为AD风险的约70%。现有的对AD的分子机制的理解仍然不完整。过去已有研究证实APP，PSEN1和PSEN2对AD患者的致病机制起到部分作用，遗传分析表明，AD的个体差异可能是由多个基因及其变异体引起的，这些基因及其变异体协同发挥各种生物学功能，增加了AD的发病风险。
所以本次研究除了探索AD发病机制外，对其他潜在候选基因的综合分析，可以为AD的预测或诊断测试提供新的潜在策略。
分析方法：
从基因表达总括(GEO)数据库中提取基因表达数据(GSE48350)。
差异表达基因(DEGs)来源于AD患者和健康对照组之间的海马和内嗅皮层区域，并通过Morpheus检测。
通过Cytoscape进行功能富集分析，包括差异基因的GO和pathway富集分析，然后构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。
使用标准筛选HUB蛋白：结节度≥10(海马组织)和 ≥ 8(内嗅皮层组织)。分子复合物检测(MCODE)用于过滤重要的簇。
利用加利福尼亚大学圣克鲁斯分校(UCSC)和RNA结合蛋白特异性数据库(RBPDB)鉴定长非编码RNA(LncRNA)的RNA结合蛋白。
主要结论：
鉴定出251和74个基因为DEG，其中海马区和内嗅皮层分别含有56和16个上调基因和195和58个下调基因。
结果1：与正常海马组织相比，AD患者样本的海马组织中包括56个上调基因和195个下调基因; 同时，与正常的内嗅皮质组织相比，AD患者样本的内嗅皮质组织中包括16个上调基因和58个下调基因，结果以表格形式展示
大多数AD相关蛋白在19个主要途径中起作用（13个来自海马，6个来自内嗅皮层），主要是相关的跨膜转运，药物反应，突触功能，离子稳态，神经发生和信号转导
图一：差异基因的富集分析——左侧一列代表pathway，右侧一列代表富集的pathway占比
11个基因被鉴定为海马和内嗅皮层中的HUB基因，3个HUB基因被鉴定为参与AD病理的新候选基因。（PPI网络图即使是矢量图也存在看不清和看起来太费劲的问题，尽量不要作为主要结果展示...）
图a：所有135个蛋白质的PPI网络。图b：HUB基因和它们的邻居基因。 图c/图d是两个具体模块的展示
此外，筛选出3个lncRNAs，其结合蛋白与AD密切相关。
行文到这里就有点不好的感觉了，文章太依赖表格和PPI结果图，表格本身不够直观，阐述结论的图显得不够丰富。
PPI网络和来自内嗅皮层的DEG簇。a 所有32种蛋白质的 PPI网络。b Hub基因及其邻居基因。c来自PPI网络的模块3
使用RNA结合蛋白特异性数据库(RBPDB)分析获得了linc00662，linc00282和linc00960的RNA结合蛋白列表。
共享了14个相互RNA结合蛋白并用Venn工具展示。
通过Venn工具发现了21个相互作用的deg，其中1个lncRNA，linc00622，在AD患者和正常对照组的海马组织和内嗅皮层组织中被鉴定为差异表达。图4b和4c显示了linc00622在海马和内嗅皮层组织中的相对表达值
文章到这里就结束了，总感觉差了点什么...我们如果挑毛病可以挑出很多毛病，毕竟文章的影响因子也体现在那里。但是通过作者的讨论可以看出还是做了不少工作，可能就是没有阳性结果所以没有体现出来呢。
这也是你做生信分析时经常会遇到的情况，你做了20种分析，最后文章上只能用上不到10个，大量的工作量只有你自己知道但是体现不出来。
昨天一个小伙伴问我什么叫入门，我觉得一个文章可能用到的二十种分析方法不管能不能用，先把结果折腾出来，才算入门。
从这个角度讲，我还没有入门（哭了）
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