- 真实bam文件，截取目标区域的reads
- 多个样本的不同区域reads 合并
- 合并的fastq1 /fastq2 ,提交分析
在bwa 过程中提示： read1/read2 不匹配， 同一个位置的read name 不同。 可以统计read 数目， grep 看看
修复read1/read2 ，BBmaps
BBMap ：github clone
百度到的cmd:
~/BBMap/sh/repair.sh in=merged_1.fq in2=merged_2.fq out=merged.repaired_1.fq out2=merged.repaired_2.fq
但是执行过程中会提示无法找到 Java 类 ： jgi.SplitPairsAndSingles
image.png
因为SplitPairsAndSingles.java没有编译
对~/BBMap/sh/current/jgi/SplitPairsAndSingles.java 进行编译
javac javac jgi/SplitPairsAndSingles.java
不懂java，编译后jgi目录下变成这样：
image.png
原始只有java文件，从新生成的文件上看肯定有问题。
但是看到SplitPairsAndSingles.class 已经生成，就试运行了一下，没有报错。
cmd:
java -ea -Xmx209866m -cp ~/BBMap/sh/current/ jgi.SplitPairsAndSingles rp in=merged_1.fq in2=merged_2.fq out=merged.repaired_1.fq out2=merged.repaired_2.fq
输出log:
image.png
修复后的reads 重新提交分析，bam文件正常生成。
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