loom文件的生成

在单细胞测序的轨迹推断中，我们介绍了RNA速率分析的原理，进行速率分析的前提就是需要得到未剪切的 (unspliced) 和剪切的 (spliced) mRNA信息。
这个文件需要我们从fastq文件开始，与基因组比对的到sam文件，从sam文件转成bam，再从bam中提取上面的消息，得到.loom为后缀的文件。（参考：生物信息学常见数据格式）

loom文件的生成需要使用velocyto。针对不同的测序平台，velocyto有不同的方法进行loom文件的提取，参考官网：http://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/cli.html#run-smartseq2-run-on-smartseq2-samples

1. 安装velocyto

## 1. 创建python>3.6的环境
conda create -n velocyto python=3.6
## 2. 安装前置软件
conda install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn h5py click
pip install pysam
## 3. 安装velocyto
pip install velocyto
## 4. 测试
velocyto --help
Usage: velocyto [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Options:
  --version  Show the version and exit.
  --help     Show this message and exit.

Commands:
  run            Runs the velocity analysis outputting a loom file
  run10x         Runs the velocity analysis for a Chromium Sample
  run-dropest    Runs the velocity analysis on DropEst preprocessed data
  run-smartseq2  Runs the velocity analysis on SmartSeq2 data (independent bam file per cell)
  tools          helper tools for velocyto

2. repeat_masker.gtf生成
   运行velocyto需要准备三个文件，单细胞数据分析的结果文件，基因组注释文件，重复序列注释文件，其中前两个在单细胞分析时就会得到，关键是repeat_masker.gtf的生成

3. loom文件生成
   接下来是生成loom文件，运行velocyto需要准备三个文件，基因组注释文件(gtf)，repeat_masker.gtf(重复序列注释文件)，cellranger的结果文件夹(以样本名WT_1为例，里面包含cell matrix和bam文件)

参考：https://www.zhouxiaozhao.cn/2020/11/10/RNAvelocity(1)/