代码在cell_marker_annotation.R
0亚群很多是T细胞的marker，可以初步注释为T细胞
1亚群也像T或者NK细胞
0和1很相似，可以计算这个亚群的差异基因，代码在sub_analysis_scRNA
这里看的是cluster0和3的差异，下表按照差异大小排序，
发现cluster0和3差异大的都是线粒体基因，说明本身基因差异不大，那就可以合并；接着看看cluster0,3和cluster1的差异
这些差异基因是有意义的，那么1也许可以不合并进去
cellmarker优于panglaoDB优于其他数据库，但只能解决一部分问题，还要靠文献查找
可以把每个亚群找到的marker用在线工具做功能富集，初步看一下功能
注释用的参考数据库 细胞类型鉴定 思路 代码在cell_marker_annotation.R 1、查看所有mar...
scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/01...
scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/01...
scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/01...
参考：细胞类型注释 [https://www.cnblogs.com/TOP-Bio/p/14248023.htm...
SingleR 使用SingleR包进行单细胞类型注释分析 Celaref 使用Celaref包进行单细胞类型注释...
之前写过一篇细胞类型注释的推文：单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释[https://www.jia...
细胞注释是单细胞转录组分析的重要环节，来自加拿大的研究人员在《Nature protocols》发表细胞注释教程综...
细胞注释是单细胞转录组分析的重要环节，来自加拿大的研究人员在《Nature protocols》发表细胞注释教程综...
查阅文献 ，多学习多积累 https://mp.weixin.qq.com/s/i7i8xOhM6ga-1vATG...
本文标题：2022-01-21 细胞注释思路
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/duzehrtx.html
网友评论