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用tbtools进行基因家族分析《一》

用tbtools进行基因家族分析《一》

作者: 群体遗传学 | 来源:发表于2021-02-24 09:19 被阅读0次

    此版本为无代码版本,依赖tbtools来实现,纯粹记录自己的学习经验。

    蛋白序列的blast比对

    1. 选择拟南芥基因家族的蛋白序列文件
    2. 选择你想要查找的基因家族的基因组蛋白文件
    3. 选择你要输出的文件名
    4. 选择输出格式,默认为xml,选择"Table“格式,结果更直观
    5. 点击”start“,开始运行。


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    候选蛋白序列的提取

    1. 对于我们获得的结果文件rice.txt,我们选择用excel打开,对其进行排序和去重处理,得到候选的基因ID;
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    2. 选择TBtools的”Fasta Extract or Filter"功能来提取上述候选基因的蛋白序列,


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    3. 第一个红框为水稻基因组的蛋白序列,第二个为输出的文件名,第三个就是我们的上一步得到的候选基因ID;


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    候选基因的保守结构域确定

    1. 利用网站NCBI CD search来预测候选基因的保守结构域;

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    2. 根据结果来筛选候选基因,比如我们挑选的是DUF629 superfamily,其中包含DUF629 superfamily的基因则为最终的候选基因。

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