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samtools整合sam转bam/sort和index命令

samtools整合sam转bam/sort和index命令

作者: 王梓维 | 来源:发表于2022-12-12 13:58 被阅读0次

    使用bwa,hisat2等比对软件,常会得到sam文件,此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令

    vim sam2bam.sh
    #按一下i进入编辑模式,写入以下内容
    
    !/bin/bash
    for i in Y51015cold-1 Y51015cold-2   #sam文件的名字
    do
    samtools view -@30 -bS ${i}.sam | samtools sort -@30 -o ${i}.sort.bam $  #转化并排序
    done
    
    samtools view -@30 -bS Y51015cold-3.sam | samtools sort -@30 -o Y51015cold-3.sort.bam #最后一个文件单独运行,不要加$
    
    for i in Y51015cold-1 Y51015cold-2 Y51015cold-3  #sam文件的名字
    do
    samtools index -@ 30 ${i}.sort.bam $
    done
    
    # 按:wq退出
    ## bash sam2bam.sh 运行脚本
    ### 所以要分两次循环,是因为要全部sort后才能开始index
    

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