使用bwa,hisat2等比对软件,常会得到sam文件,此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令
vim sam2bam.sh
#按一下i进入编辑模式,写入以下内容
!/bin/bash
for i in Y51015cold-1 Y51015cold-2 #sam文件的名字
do
samtools view -@30 -bS ${i}.sam | samtools sort -@30 -o ${i}.sort.bam $ #转化并排序
done
samtools view -@30 -bS Y51015cold-3.sam | samtools sort -@30 -o Y51015cold-3.sort.bam #最后一个文件单独运行,不要加$
for i in Y51015cold-1 Y51015cold-2 Y51015cold-3 #sam文件的名字
do
samtools index -@ 30 ${i}.sort.bam $
done
# 按:wq退出
## bash sam2bam.sh 运行脚本
### 所以要分两次循环,是因为要全部sort后才能开始index
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