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day34 Linux上的R,还是要靠conda

day34 Linux上的R,还是要靠conda

作者: meraner | 来源:发表于2022-06-27 20:37 被阅读0次

    昨晚和大神网管求助后,一大早就告诉我能用了。

    15ee3ef327952233041b9668f826f1b.jpg
    也不纠结怎么安装了,能用是硬道理。之前学的conda安装和虚拟环境知识也能用上,深感安慰。
    教程:https://zhuanlan.zhihu.com/p/456714580

    一、进入R,安装各种包(失败)

    在r4这个虚拟环境下,输入R,然后打算安装包。

    install.packages('reshape2')
    install.packages('data.table')
    install.packages('MASS') #这步成功
    install.packages('e1071')
    install.packages('zoo')
    install.packages('DescTools')
    install.packages('gtools')  #这步成功install.packages('matrixStats')
    BiocManager::install("optparse") #这步成功
    

    但是还是出现了报错:GLIBC-2.14not found报错
    于是先退出R,用q()这个命令。
    然后在r4这个环境下输入下面两个命令:

    export LD_LIBRARY_PATH=/data/software/glibc-2.141/lib
    export LC_ALL=C
    R #进入R
    

    但是install.packages的时候跳出选择mirror,就锁死了,什么反应也没有。
    查原因是没有指定mirror,貌似缺少X11啥的。
    参考教程:https://www.codenong.com/11488174/
    options(repos)
    显示:"Error in options(repos) : object 'repos' not found"。说明需要设置存储库选项。
    repos ='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/'

    install.packages('reshape2',repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')
    install.packages('reshape2', dep=TRUE)试一下
    仍然各种报错,不成功。

    二、conda直接安装R包

    1,安装方法一:conda install -c conda-forge r-reshape2 #r-后面跟着r包的名字
    成功了,真香。
    2,安装方法二:conda install -c bioconda bioconductor-XXX
    XXX可以直接输入R包的名字
    包的名字有时候大小写需要在这个网站里查一下:https://conda-static.anaconda.org/bioconda/
    3,查看已经安装的R包
    library()

    三、为了EPIC-seq,把需要的包都安装,如下。conda太聪明了。安装起来毫无压力。为了在R里面用install.packages来安装R包发愁两天,结果conda分分钟就解决了。

    conda install -c conda-forge r-reshape2
    conda install -c conda-forge r-data.table
    conda install -c conda-forge r-e1071
    conda install -c conda-forge r-zoo
    conda install -c conda-forge r-matrixStats
    conda install -c conda-forge r-DescTools
    conda install -c bioconda bioconductor-optparse
    
    

    四、一点小问题?

    在整个操作中唯一的问题就是在最后会报错,奇怪的报错,没找到解决办法,但是现在看似乎不影响任何操作。


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