Jupyter搭建运行R
Ubuntu 在WIN10系统中的使用，双系统的实现，极大拓展了WIN10的应用范围。不过在实际使用过程中，WIN10/Ubuntu 这种双系统模式还是不如MacOS/UNIX(Linux)的自然一体。WIN10/Ubuntu关系相对对立，经常路径不同意，软件重复在不同平台安装，互通性不足。这其中Python和R在交互使用中可能会存在这样的问题。Anaconda是Python很好的集成开发环境（Integrated Development Environment， IDE），其中jupyter notebook可以很好管理、可视化Python运行代码和结果。RStudio自然是R语言必备IDE。
Linux下推荐搭配miniconda/jupyter python环境，WIN10下一般安装R/RStudio。某种条件下，如何解决想在jupypter运行R代码呢？
1. miniconda/juypter安装
NOTE: Ubuntu 18.04 LTS
#下载miniconda3
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -p /opt/biosoft/miniconda3
#配置环境变量
echo "export PATH=/opt/biosoft/miniconda3/bin:$PATH" >> ~/.bashrc # or ~/.zshrc
source ~/.bashrc
配置TUNA镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
jupyter安装
#使用conda安装
conda install -n base jupyter
codna install -n base jupyterlab
#或者使用pip安装
pip install jupyterlab
pip install jupyter</pre>
2. R安装
安装最新R 3.6.0
#添加官网R版本路径
vi /etc/apt/sources.list
#加入下面链接
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev
3. R加载到jupyter中
安装依赖包
# R
install.packages('devtools'）
devtools::install_github('IRKernel/IRkernel')
IRkernel::installspec(name = 'ir', displayname = 'R')
运行
jupyter lab --allow-root
#可以看到R 图标
Snipaste_2019-07-11_00-19-08.png
notebook中新建R命令文档
jupter notebook --allow-root
Snipaste_2019-07-11_00-21-29.png
4. Jupyter R命令文档
一般文档后缀还是.ipynb。但代码格式完全一样，可以自然快速的从RStudio开发环境中过渡。至此，Jupyter可以很好的统一管理Python和R。
Snipaste_2019-07-11_00-28-08.png
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