美文网首页生信绘图
生信绘图小技巧 | 多组小提琴柱状组合图绘制

生信绘图小技巧 | 多组小提琴柱状组合图绘制

作者: 小杜的生信筆記 | 来源:发表于2023-03-06 12:05 被阅读0次

    昨天,我们分享了跟着NC学作图 | 差异比较小提琴+柱状组合图的教程。这是单个图形的教程,如果是多个类似的图形,我们需要绘制呢?

    对于这个问题,我们很多同学首先想到的就是“拼图”,这也是我的首先想到的。

    使用plot_grid()函数进行拼图

    拼图的方式很多,我一直都是使用plot_grid()进行拼图,我个人认为这是很简单的方法。

    plot_grid()操作

    ### 数据
    

    head(df)
    CCLE_ID all_pseudotime emt_score target_tissue CI.05 CI.95
    1 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 brain -3.824015 -2.976779
    2 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 lung -3.824015 -2.721612
    3 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 bone -3.824015 -2.503531
    4 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 liver -3.285850 -2.146388
    5 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 kidney -3.824015 -3.141363
    6 2313287_STOMACH 45.07075 -1.792617 kidney -4.034838 -4.034838
    mean penetrance status_metpot
    1 -3.220084 0.14285714 weakly_metastatic
    2 -3.135029 0.07142857 weakly_metastatic
    3 -2.940992 0.07142857 weakly_metastatic
    4 -2.438389 0.21428571 weakly_metastatic
    5 -3.467631 0.07142857 weakly_metastatic
    6 -4.034838 0.00000000 non_metastatic

    ## 绘制图形
    p1
    p2
    p3
    ..............
    
    ## 拼图 
    plot_grid(p1,p2,p3,
              p4,p5,p6,
              p7,p8,p9,
              p10,p11,p12,
              ncol = 3, nrow = 4, labels = "AUTO", align = "hv", label_size = 16)
    

    具体参数:

    • ncolnrow:行与列的数量
    • labels = “AUTO” `:自动标注A、B、C等,也可以自己设定
    • label_size:labels的大小
    • align:Specifies whether graphs in the grid should be horizontally ("h") or vertically ("v") aligned. Options are "none" (default), "hv" (align in both directions), "h", and "v"
      .....
      具体参数可以看plot_grid()文档。

    同类型的图,你需要话很多遍,或者直接写个for循环也可以的。


    偷懒的操作要如何做呢?

    使用facet_wrap()函数即可,具体操作请看下面的。
    直接使用前面的数据和代码绘制[跟着NC学作图 | 差异比较小提琴+柱状组合图]

    多个图形

    添加facet_wrap(~target_tissue)即可。因此,在数据中需要有target_tissue的分类信息。

    ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot",
                 palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
                 add = "boxplot", add.params = list(fill = "white"),xlab="Metastatic Potential")+ 
      stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method="wilcox")+ 
      geom_hline(yintercept=0, linetype="dashed", color = "red")+
      ## 添加该信息组
      facet_wrap(~target_tissue)
    

    ENDING!!

    往期文章:

    1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)

    WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

    WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

    WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

    2. 精美图形绘制教程

    精美图形绘制教程


    小杜的生信筆記 ,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!

    相关文章

      网友评论

        本文标题:生信绘图小技巧 | 多组小提琴柱状组合图绘制

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/eajpldtx.html