目前，WGBS（Whole genome bisulfite sequencing）仍是检测全基因组DNA甲基化的金标准。下游分析中，鉴定差异甲基化区域（Differentially methylated region, DMR）是分析的核心，今天的推送将介绍利用metilene软件鉴定差异甲基化区域。
Fig 1
官方教程
http://legacy.bioinf.uni-leipzig.de/Software/metilene/
软件安装,下载地址
http://legacy.bioinf.uni-leipzig.de/Software/metilene/Downloads/
按照Fig 1的命令下载解压配置即可。
输入文件
Fig 2
输入文件一定是排序后的，该软件内置了metilene_input.pl脚本可以基于多个bedgraph文件生成后续需要的输入文件。这里的bedgraph文件包括四列，染色体编号-甲基化位点的前一个位点-甲基化位点-甲基化水平（Fig 2），Tab分隔。
第一步 生成合适的输入文件
Fig 3
运行metilene_input.pl脚本（Fig 3）
--in1 指定第一组的bedgraph文件，T202_1/2/3为三个生物学重复
--in2 指定第一组的bedgraph文件，T43_1/2/3为三个生物学重复
--h1/2分别为第一二组的组名
Fig 4
运行后生成metilene_T202_T43.input文件（Fig 4）
第二步 call DMR
Fig 5
call DMR（Fig 5）
-a 和-b指定组名
-d指定最小差异甲基化百分比，对于拟南芥CG-CHG-CHH一般为0.4/0.2/0.1
-t指定线程数
Fig 6
输入文件为metilene_T202_T43.input，输出文件为metilene_T202_T43.output（Fig 6）
Fig 7
metilene_T202_T43.output说明见Fig 7.
第三步 对输出结果进一步筛选
Fig 8
对输出结果进一步筛选和过滤（Fig 8）
-q和-o指定输入和输出文件
-p指定P值，默认为0.05
-c指定区间内的甲基化位点最小个数
-d 指定最小差异甲基化百分比
Fig 9
同时也会输出一些DMR基本信息统计（Fig 9）
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