1.受到组织培养技术的限制
组织培养技术虽说距今有一百多年的历史,但仍具有非常强的基因型的依赖性，不同基因型 间建立再生体系的难易程度差别相当大,这需要一定的经验。一些主要的经济作物仍非常集中在几个基因型,据资料分析,相对降低的植株再生频率是影响基因转化频率的主要因素,因此这为实际生产应用带来极大的障碍。
2.受到遗传转化技术的限制
遗传转化技术虽历经十多年的不断改进和创新，人们基本上掌握了基因枪法、农杆菌法、超声波介导法、PEG 介导法、浸泡法、花粉管通道 法、子房注射法、激光微束穿刺法、显微注射法、电击法、碳化硅纤维介导法、叶盘转化法等十多种方法。但人们对外源基因进入植物体后的命运仍是无法掌握，对相当比例的植物在转基因的失活与沉默仍是束手无策，因此极大限制了理想转化株的获得。
3.雄性不育株的不育性不稳定
与天然不育系一样,工程不育系也有受温度影响而育性不稳定的表现。Dennis 等发现,在 TA29-Barnase转化油菜的不育系中，有部分不育株转育，尤其是高于25°的情况下，不育性的不稳定急速增加而成为可育,但仍观察到两株不育株的不育性非常稳定。
4.转基因的副作用
把某些不育基因导入到植株中创造雄性不育系,会导致某些相关性状出现异常。如导入rolc基因,用农杆菌导入烟草中,烟草的性状发生改变: 花期晚于对照、花的直径和长度明显偏小、高度降低等。
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