samtools 安装过程出现的问题及解决

使用以下步骤安装 :

mkdir -p ~/biosoft/samtools
echo 'export PATH=/home/vip41/biosoft/samtools/bin:$PATH' >>~/.bashrc 
source ~/.bashrc
cd ~/biosoft/samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2
cd  samtools-1.9
./configure --prefix=/home/vip41/biosoft/samtools  
make && make install

出现的问题：
samtools可用，但是基本命令如ls、pwd等无法使用，使用该命令（export PATH=/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/sbin:/usr/sbin
）解决ls等基本命令无法使用问题，但是samtools又变成无法使用，重新添加环境变量，samtools可用，但是ls等基本命令又无法使用：

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/biosoft/samtools$ echo 'export PATH=/home/vip41/biosoft/samtools/bin:$PATH'>>~/.bashrc
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/biosoft/samtools$ source ~/.bashrc
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/biosoft/samtools$ ls
Command 'ls' is available in '/bin/ls'
The command could not be located because '/bin' is not included in the PATH environment variable.
ls: command not found
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/biosoft/samtools$ samtools

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 1.9 (using htslib 1.9)

Usage:   samtools <command> [options]

Commands:
  -- Indexing
     dict           create a sequence dictionary file
     faidx          index/extract FASTA
     fqidx          index/extract FASTQ
     index          index alignment

使用命令vi ~/.bashrc查看软件路径：

# added by Miniconda3 installer
export PATH="/home/vip41/miniconda3/bin:$PATH"
export PATH=/home/vip41/biosoft/lzma/bin:$PATH
export PATH=/home/vip41/biosoft/htslib/bin:$PATH
export PATH=/home/vip41/biosoft/samtools/bin:$PATH

尝试删除samtools的路径，发现问题解决了。samtools居然能用，且常用命令不受影响，就使用命令which samtools查看路径 :

vip41@VM-0-15-ubuntu:~$ which samtools
/home/vip41/miniconda3/bin/samtools

找到问题所在，路径冲突了，之前使用conda install 安装过有默认路径。

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附：

• samtools安装过程中依赖于lzma、htslib两个包，所以在安装samtools之前需要确保安装了lzma、htslib。
• HTSlib是一个用于处理各种排序和变体文件格式的软件库：SAM，BAM，CRAM，VCF和BCF。SAMtools和BCFtools是围绕HTSlib构建的应用程序，执行格式转换，文件合并和拆分，排序，变体调用等等。
• xz是一种通用数据压缩工具，其命令行语法类似于 gzip（1）和bzip2（1）。

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软件安装步骤参考：http://www.cnblogs.com/ctfighting/p/7491280.html

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