fastp

https://github.com/OpenGene/fastp
安装

git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git
cd fastp
make
sudo make install

使用

fastp -i SS_G1.fastp.1.fq.tar.gz -I SS_G1.fastp.2.fq.tar.gz -o 1.fq.gz -O 2.fq.gz -q 30 -u 5 -n 0 -l 150 -3 -M 30 -b 150 -B 150

-i SS_G1.fastp.1.fq.tar.gz -I SS_G1.fastp.2.fq.tar.gz #输入的双端序列
-o 1.fq.gz -O 2.fq.gz #输出的双端序列
-q 30 -u 5 #当一条序列有5%低于Q30则丢弃
-l 150 丢弃短于150bp的序列
-3 -M 30 -W 4 #从3端滑窗切去平均质量值低于30的碱基
-b 150 -B 150 #从尾部将双端序列切到150bp

fastp -i s11_5m_SSG1_1.fq -I s11_5m_SSG1_2.fq -o 124_s11_5m_SSG1_1.fq -O 124_s11_5m_SSG1_2.fq -f 25 -F 25 -t 1 -T 1 -l 124 -w 8