fastp质控小试

1.听说fastp做质控不错哦：

ref1：fastp: 极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件

ref2：用fastp对转录组数据做QC - 简书

2.安装吧：

当然用conda啦！支持：

conda install fastp

安装完毕：

fastp -h

参数很多哦：

截图看下

3.用法：

单端测序：

fastp -i in.fq -o out.fq

-i 输入的fq

-o 输出的fq

双端测序：（支持直接输入压缩格式哦）

fastp -i in.R1.fq -o out.R1.fq -I in.R2.fq -O out.R2.fq

-i 输入的R1.fq

-o 输出的R1fq

-I（大写的i）输入的R2.fq

-O 输出的R2.fq

4.尝试一把：

Tumor-5_R1.fq 36.6MB

Tumor-5_R1.fq 36.6MB

命令：

fastp -i Tumor-5_R1.fq -o tumor-5.R1.clean.fq -I Tumor-5_R2.fq -O tumor-5.R2.clean.fq

输出：

tumor-5.R1.clean.fq 35.9MB

tumor-5.R2.clean.fq 35.9MB

一份网页报告：fastp.html

用时：

17 seconds 还行把

网页报告截图

自个fastqc一下？

fastqc *

multiqc *

好像在去冗余上做的不错，值得一试。

资深玩家还请自个定制各种参数呦

用了没？欢迎留言讨论吧。

fastp质控小试