fastp质控小试

作者: 苏牧传媒 | 来源:发表于2018-08-28 23:13 被阅读5次

1.听说fastp做质控不错哦:

ref1:fastp: 极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件

ref2:用fastp对转录组数据做QC - 简书

2.安装吧:

当然用conda啦!支持:

conda install fastp

安装完毕:

fastp -h

参数很多哦:

截图看下

3.用法:

单端测序:

fastp -i in.fq -o out.fq

-i 输入的fq

-o 输出的fq

双端测序:(支持直接输入压缩格式哦)

fastp -i in.R1.fq -o out.R1.fq -I in.R2.fq -O out.R2.fq

-i 输入的R1.fq

-o 输出的R1fq

-I(大写的i)输入的R2.fq

-O 输出的R2.fq

4.尝试一把:

Tumor-5_R1.fq 36.6MB

Tumor-5_R1.fq 36.6MB

命令:

fastp -i Tumor-5_R1.fq -o tumor-5.R1.clean.fq -I Tumor-5_R2.fq -O tumor-5.R2.clean.fq

输出:

tumor-5.R1.clean.fq 35.9MB

tumor-5.R2.clean.fq 35.9MB

一份网页报告:fastp.html

用时:

17 seconds 还行把

网页报告截图

自个fastqc一下?

fastqc *

multiqc *

好像在去冗余上做的不错,值得一试。

资深玩家还请自个定制各种参数呦

用了没?欢迎留言讨论吧。

fastp质控小试

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网友评论

  • 正踪大米饭儿:这款软件是海普洛斯陈总的团队搞出来了,挺好的软件,方便快捷,我已经用来生产了~
  • 苏牧传媒:生信的质控还是很有讲究的

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