还没整理好，再慢慢搞吧。

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能否成功安装 R 包，看命。

1. 安装

1.1 CRAN

• install_packages()
lib: 设置包的安装位置
  repos: 设置镜像

install.packages("XML", repos = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")

1.2 bioconductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("WGCNA", "AnnotationDbi", "impute", "GO.db", "preprocessCore"))

1.3 conda

利用conda管理R包

1.4 其他

• devtools
  devtools::install_github()
devtools::install_gitee()

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

• remotes

remotes::install_github("GuangchuangYu/nCov2019") 

1.4 本地安装

> install.packages("/path/to/test.tar.gz", repos = NULL, type="source")
> devtools::install_local("/path/to/test.tar.gz")

$ R CMD INSTALL test.tar.gz

2. 操作

2.1 查看

• .libPaths(): 查看R包安装位置
• installed_packages(): 查看已安装R包
• search(): 查看编译环境已载入的包
• ls("package:babynames"): 查看已加载包的内容

old_libpaths <- .libPaths()
.libPaths(c(old_libpaths, "/home/shwzhao/R/library", "/home/shwzhao/bin/miniconda3/lib/R/library"))

2.2 加载

• library(package): 调用R包
  lib.loc: 设置加载哪个library的包

library() # 不加参数，列出`lib.loc`指定的库中的所有可用包；
library(non_Rpackage) # `package` 不存在时，终止程序，并报错；
library(help=package) # 返回package的基本信息

• require(package): 类似library(package)，加载前对搜索列表进行检查并更新

require(non_Rpackage) # package 不存在，返回FALSE不报错，继续执行程序；
require(package) # package 存在，返回TRUE

.libPaths(c(.libPaths(), "/home/zcli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/"))
if(!require("cluster")) install.packages("cluster")
library(cluster)

• source(): 使R直接接受来自命名文件、URL或表达式的输入

2.3 卸载

• detach("package:babynames", unload=TRUE) 卸载已加载的包

2.4 删除

• remove.packages(): 删除R包

3. 创建R包

在GO富集分析中构建背景集时创建过R包，剩下时候没用过，也不怎么了解。

4. 一些注意

4.1 库文件

• LD_Library

4.2 .libPaths()中library的顺序

参考

https://blog.csdn.net/xiaoxiao_ziteng/article/details/105847371