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附录A 本研究纳入研究的数据下载与整理
- 基因芯片数据下载 、整理
- TCGA 数据的下载 、整理
- GTEx 数据下载、整理
- ICGC 数据下载、整理
- CCLE 数据下载、整理
- GTF 注释文件下载、整理
- 批次效应矫正
- PCA
- 基因注释
- Venn Diagram
附录B 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
附录C 差异表达分析
- 基因芯片的差异表达分析
- 转录组测序(RNA-Seq)数据的差异表达分析:DESeq2、edgeR、limma
附录D 多组学分析
- 基因突变分析
- DNA甲基化分析
- 免疫浸润分析
附录E 机器学习构建模型
- 预测模型构建:支持向量机、随机森林、神经网络........
- 预测模型验证
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