我使用的是Bismark提取甲基化信息，生成了以下文件
image.png
其中
SRR1182280_1_val_1_bismark_bt2_pe.bedGraph.gz和SRR1182280_1_val_1_bismark_bt2_pe.bismark.cov.gz含有甲基化信息，直接导入igv试试不行，报错...
解压再试试
image.png
结果只有bedGraph文件导入成功可以查看
我使用的是Bismark提取甲基化信息，生成了以下文件
image.png
SRR1182280_1_val_1_bismark_bt2_pe.bedGraph.gz和SRR1182280_1_val_1_bismark_bt2_pe.bismark.cov.gz含有甲基化信息，直接导入igv试试
image.png
我使用的是Bismark提取甲基化信息，生成了以下文件
在使用IGV展示测序深度时，可以用igvtools先计算出tdf文件再导入IGV中，这样比直接导入bam文件快很多...
1. 打开IGV 终端打开IGV 提示以下信息 提示打开IGV通过igv.sh， 输入 2. 搭配使用igvtoo...
bam和peak之后都可IGV可视化 一、windows的IGV安装及使用方法（略） 二、bam和bai文件导入无...
镜像基本查看 镜像详细信息查看 镜像的导入和导出 删除镜像
最近需要将ATAC-Seq生成的bw导入IGV查看peak的分布情况，但是一个个的将bw文件从服务器上下载到本地再...
1. 导入数据 2. 加载R包 3.1 绘图 3.2 添加甲基化数据的 heatmap 3.3 添加甲基化数据的 ...
将 IGV 窗口保存为 svg 格式，然后导入 Inkscape 中。在 Inkscape 中点放大镜图标，然后点...
这里是佳奥！ 获得了peaks之后我们导入IGV检查。 1 deeptools初探 bamCoverage的基本用...
之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候，一般就是只看某一个基因附近的peaks，或者同时打开好几个IGV界面...
本文标题：甲基化信息导入igv查看
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/ejhdvctx.html
网友评论