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服务器端使用IGV

服务器端使用IGV

作者: LeoinUSA | 来源:发表于2018-07-03 08:51 被阅读4次

    1. 打开IGV

    终端打开IGV

    module load igv
    module show igv
    

    提示以下信息

    --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
       /depot/bioinfo/apps/modules/igv/2.3.60:
    --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    whatis("Visualization tool for interactive exploration of genomic datasets ")
    load("java")
    prepend_path("PATH","/group/bioinfo/apps/apps/IGV_2.3.60")
    help([[
    Notes:
    IGV (Integrative Genomics Viewer)
    version 2.3.60
    Visualization tool for interactive exploration of genomic datasets
    http://www.broadinstitute.org/software/igv/home
    User Guide: http://www.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide
    FAQ: http://www.broadinstitute.org/software/igv/FAQ
    Forum: https://groups.google.com/forum/#!forum/igv-help
    Info: /group/bioinfo/apps/apps/IGV_2.3.60/readme.txt
    Start with "igv.sh" 
    Need X11 display: More config info at:
    https://www.rcac.purdue.edu/compute/carter/guide/#accounts_login_x11
    
    ]])
    

    提示打开IGV通过igv.sh, 输入

    igv.sh &
    

    2. 搭配使用igvtools

    module load igvtools
    module show igvtools
    

    提示以下信息

    ----------------------------------------------------------------------------
       /depot/bioinfo/apps/modules/igvtools/2.3.60:
    ----------------------------------------------------------------------------
    whatis("Utilities for preprocessing data files ")
    load("java")
    prepend_path("PATH","/group/bioinfo/apps/apps/IGVTools-2.3.60")
    help([[
    Notes:
    IGV Tools
    version 2.3.60
    Utilities for preprocessing data files
    http://www.broadinstitute.org/software/igv/home
    User Guide: http://www.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide
    FAQ: http://www.broadinstitute.org/software/igv/FAQ
    Forum: https://groups.google.com/forum/#!forum/igv-help
    Info: /group/bioinfo/apps/apps/IGVTools-2.3.60/igvtools_readme.txt
    Need X11 display for igvtools_gui
    
    ]])
    

    3. 加载基因组

    Genomes > Load Genome form file,例如Zea_mays.AGPv3.22.dna.genome.fa,加载完基因组后会生成Zea_mays.AGPv3.22.dna.genome.fa.fai的文件。

    4. 加载GFF文件

    由于 GFF 文件很大,需要排序以及建索引之后才能导入 IGV: 利用 IGVtools 进行排序和建立索引

    igvtools sort zea_mays.protein_coding.gff zea_mays.protein_coding.sorted.gff
    igvtools index zea_mays.protein_coding.sorted.gff 
    

    load GFF 选择刚刚排序和索引之后的 gff 文件:
    点击:file->load from file

    4. 加载bam文件

    BWA出来的sam文件无法直接被 IGV 利用的,必须经过 samtools 处理后才能被 IGV 显示出来。

    使用脚本批量index文件

    #!/bin/bash
    for i in *.bam
    do
    echo "Indexing: "$i
    samtools index $i $i".bai"
    done
    

    注意将.bam和.bai放在同一个文件夹下。
    建立完索引后 load bam 文件:
    File –>load from file 打刚刚建立完索引的 bam 文件。

    5. IGV可视化基因

    找到自己感兴趣基因的起始和终止位置,可以根据gff的文件进行查找。可视化结果:


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